Bước 1: Tra cứu để tìm ra hóa đơn muốn thay thế (nếu cần).
Lưu ý: Chỉ hóa đơn gốc chưa được kê khai thuế, chưa bị hủy giao dịch, chưa bị điều chỉnh, đã thanh toán thì mới được phép lập hóa đơn thay thế.
Quy định về Lập hóa đơn thay thế:
Trường hợp hóa đơn điện tử đã lập và gửi cho người mua nhưng chưa giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ hoặc hóa đơn điện tử đã lập và gửi cho người mua, người bán và người mua chưa kê khai thuế, nếu phát hiện sai thì chỉ được hủy khi có sự đồng ý và xác nhận của người bán và người mua. Việc huỷ hóa đơn điện tử có hiệu lực theo đúng thời hạn do các bên tham gia đã thoả thuận. Hóa đơn điện tử đã hủy phải được lưu trữ phục vụ việc tra cứu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Người bán thực hiện lập hóa đơn điện tử mới theo quy định tại Thông tư này để gửi cho người mua, trên hóa đơn điên tử mới phải có dòng chữ “hóa đơn này thay thế hóa đơn số…, ký hiệu, gửi ngày tháng năm.
Bước 2: ND nhấn vào icon 
của dòng tương ứng với hóa đơn cần thay thế thông tin-> Hệ thống sẽ hiển thị danh sách các thao tác để ND chọn
Bước 3: Người dùng chọn Lập hóa đơn thay thế à Hệ thống hiển thị cửa sổ Lập hóa đơn thay thế
Hình: Lập hóa đơn thay thế
NSD nhập các thông tin:
Khung Thông tin khách hàng: các thông tin của người mua trên hóa đơn gốc. Các thông tin này được phép chỉnh sửa.
Note:
- Nếu không nhập tên người mua/tên đơn vị/mã số thuế: hệ thống báo lỗi” Tên người mua hoặc tên đơn vị là trường bắt buộc phải nhập”
- Nếu KH có nhập giá trị “Tên đơn vị” mà không nhập giá trị tại dòng “mã số thuế” của người mua hàng thì hiển popup thông báo “Bạn kiểm tra chắc chắn đây là đơn vị hành chính sự nghiệp không có thu nên không có mã số thuế để nhập” ==>
+ Nếu KH nhấn OK thì lập hóa đơn như bình thường
+ Nếu KH nhấn Cancel thì quay lại màn hình Lập hóa đơn, focus trỏ chuột tại Mã số thuế phần người mua hàng
Khung thông tin người bán: các thông tin của bên bán trên hóa đơn gốc. Các thông tin này là không được phép chỉnh sửa
Khung Thông tin chung: các thông tin chung của hóa đơn
– Mẫu hóa đơn: thông tin này không được phép chỉnh sửa
– Số hóa đơn gốc: thông tin này không được phép chỉnh sửa
– Ngày lập hóa đơn gốc: thông tin này không được phép chỉnh sửa
- Ngày lập:
+ Nếu không chọn Ngày lập thời gian lập hóa đơn lấy thời gian hiện tại của hệ thống
+ Nếu chọn Ngày lập thì phải đảm bảo Ngày lập > hoặc = thời gian đang hiển thị ở bên cạnh (xem hình dưới)
+ Hệ thống chỉ hỗ trợ người dùng lập hóa đơn lùi tối đa 27 ngày trở về trước, với điều kiện hóa đơn được lập phải có thời gian sau thời gian của hóa đơn được lập cuối cùng
Lưu ý:
– Hình thức thanh toán: ND chọn 1 trong số các hình thức thanh toán sau:
- Tiền mặt
- Chuyển khoản
Khung thông tin bổ sung:
– Văn bản thỏa thuận: ND nhập văn bản thỏa thuận việc điều chỉnh thông tin trên hóa đơn gốc
– Ngày thỏa thuận: ND nhập ngày thỏa thuận việc điều chỉnh thông tin trên hóa đơn gốc
– Biên bản thỏa thuận:
Cho phép người dùng upload file biên bản thỏa thuận, Loại file: .doc, .docx, .pdf, .png, .jpg; Dung lượng file tối đa: 5Mb
Sau khi hóa đơn được lập thành công, người dùng vào Quản lý hóa đơn-> xem hóa đơn -> tải biên bản thỏa thuận đã được đính kèm khi lập.
Lưu ý: Đối với các user dùng chữ ký USB token hiện tại hệ thống chưa hỗ trợ đính kèm biên bản thỏa thuận
– Ghi chú: Nội dung ngày không được phép chỉnh sửa
Khung chi tiết hóa đơn:
ND có thể tăng /giảm số lượng hàng hóa hoặc thêm bớt hàng hóa hoặc thay đổi tất cả các thông tin trên hàng hóa đang có. Các bước thực hiện xem tại 17. Hướng dẫn Lập hóa đơn và Lập hóa đơn nháp
Nếu là hóa đơn có thuế toàn sản phẩm có thể thêm/bớt các dòng thuế (17. Hướng dẫn Lập hóa đơn và Lập hóa đơn nháp Lập hóa đơn – Bước 3)
NSD nhấn nút Cập nhật để lập hóa đơn thay thế
- Nếu xảy ra lỗi trong quá trình nhập liệu, hệ thống sẽ hiển thị thông báo lỗi tương ứng.
- Nếu không xảy ra lỗi, hệ thống thực hiện lập hóa đơn thay thế thành công
- Hệ thống thông báo “Lập hóa đơn thành công: Mã số thuế bên bán:, Số hóa đơn:, Mã số bí mật:”
- Hóa đơn vừa lập được hiển thị lên Danh sách hóa đơn
NSD nhấn nút [x] hoặc nút Đóng để đóng cửa sổ lập hóa đơn điều chỉnh thông tin